DOĞAK’ın misyonu; Türkiye’de doğa bilimleri alanında eğitim veren programların ulusal ve uluslararası kalite standartlarına uygunluğunu değerlendirmek, iç ve dış kalite güvencesi sistemlerinin sürekli iyileştirilmesine öncülük etmek ve bu yolla bilimsel düşünebilen, mesleki açıdan yetkin, etik değerlere bağlı, çevreye ve topluma duyarlı bireylerin yetişmesine katkı sağlayan nesnel, şeffaf ve güvenilir değerlendirme ve akreditasyon süreçleri yürütmektir. DOĞAK, tüm çalışmalarında paydaş odaklılık, tarafsızlık, etik ilkelere bağlılık, şeffaflık ve hesap verebilirlik esaslarına dayanarak, doğa bilimleri eğitiminde kalite kültürünün yaygınlaşmasını ve toplumsal refaha doğrudan ve dolaylı katkı sunmayı amaçlar.
DOĞAK’ın vizyonu; doğa bilimleri eğitimi alanında kalite güvencesi ve akreditasyon denildiğinde Türkiye’de yetkin ve referans alınan; uluslararası düzeyde ise tanınan, güvenilen ve iş birliği aranan bir kuruluş olmaktır. DOĞAK, yenilikçi ve veri temelli yaklaşımlarla yürüttüğü değerlendirme ve akreditasyon süreçleri sayesinde doğa bilimleri eğitiminin niteliğini sürekli yükselten; paydaşlarıyla güçlü ve sürdürülebilir iş birlikleri kuran, etik ve tarafsız kurumsal duruşuyla örnek gösterilen bir yapı olmayı hedefler.